یکی از جلوه های یاد خدا و خواندن نام نیکوی او، دعا در مسجد است. از برخی روایات چنین بر می آید که دعا در مسجد دارای فضیلتی ویژه است
امام صادق (ع) شیعیان خود را فرمان می داد تا در گرفتاری و سختیها در مسجد حضور یابند و پس از نماز برای برطرف شدن مشکلات دعا کنند. پیشوایان دین، خود نیز در عمل برای دعا در مسجد، اهمیتی فراوان قائل بودند. معاویه بن عمّار می گوید: «امام صادق (ع) فرمود: پدرم امام محمد باقر (ع) حاجتهای خود را هنگام ظهر از خداوند درخواست می نمود. او هرگاه حاجتی داشت، ابتدا چیزی در راه خدا صدقه می داد، بوی خوش به کار می برد، آنگاه به سوی مسجد می شتافت و حاجت خود را در آنجا از خداوند می طلبید».[۲۵۱] داود بین فرقد نیز می گوید:« امام صادق(ع) فرمود: همواره هرگاه حاجتی از خداوند دارم، هنگام ظهر برای دعا به مسجد می روم».[۲۵۲] آن حضرت در شبی از شبهای قدر با آنکه به سختی بیمار بود، دستور داد وی را با همان حال بیماری به مسجد ببرند تا در خانه خدا به دعا و عبادت بپردازد.[۲۵۳] وقتی فشار سیاسی امویان بر پیروان امام سجاد(ع) شدت یافت، آن حضرت، فرزند گرامی اش، امام باقر(ع) را فرمان داد تا به مسجد برود و برای رفع گرفتاری های شیعیان دعا کند. امام باقر (ع) به مسجد رفت؛ دو رکعت نمازگزارد؛ گونه خود را بر خاک نهاد و برای رفع گرفتاری ها دعا کرد و دعای او تأثیر کرد.[۲۵۴] از شواهدی استفاده می شود که مسلمانان صدر اسلام، بر این باور بودند که به هنگام بروز حوادث سخت باید در مسجد حاضر شوند و دعا کنند.[۲۵۵] آنان، مسجد را محضر خاص حق تعالی و جایگاه فرود آمدن رحمت گسترده او می دانستند. ماجرای پناه آوردن ابولبابه به مسجد پیامبر (ص) به خوبی، این باور مسلمانان را روشن می کند. ابولبابه همان کسی است که در جنگ بنی قریظه دچار لغزش شد و از سر بی دقتی طرح پیامبر (ص) را درباره یهودیان بنی قریظه را افشا نمود. او پس از آگاهی نسبت به خطای خویش، بی درنگ به مسجد آمد و هفت یا پانزده شبانه روز خود را به یکی از ستون های مسجد بست؛ تا اینکه خداوند توبه او را پذیرفت.[۲۵۶]
از آنچه گذشت روشن می شود که در صدر اسلام مسلمانانی که دچار خطا و لغزش می شدند و خود را نیازمند به لطف و احسان ویژه خداوند می دانستند، به مسجد پناه می آوردند؛ زیرا این جایگاه مقدّس را جلوه گاه رحمت خاصّ خداوند مهربان می دانستند. این باور مسلمانان مورد تأیید پیامبر (ص) نیز قرار گرفته بود. پیامبر اکرم (ص)، خود خبر پذیرش توبه ابولبابه را به امّ سلمه داد. هنگامی که او این خبر را از کنار مسجد به ابو لبابه داد، مردم هجوم آوردند که ریسمان از دست های ابولبابه بگشایند. ابولبابه گفت: نه! باید رسول خدا (ص) بیایند و ایشان ریسمان را بگشایند. پیامبر (ع) هنگامی که برای نماز صبح به مسجد رفتند، ریسمان ابولبابه را باز کردند.[۲۵۷] به علاوه، ابولبابه گفته است: آنگاه که پیامبر (ص) از ماجرای به مسجد رفتن من آگاه شد، فرمود: «رهایش کنید تا خداوند هر چه می خواهد درباره او حکم فرماید».[۲۵۸]
یکی از مطالبی که در زمینه دعا در مسجد، ممکن است مورد بحث قرار گیرد، این است که دعا در مسجد می تواند به صورت فردی یا جمعی برگزار شود. بر پایه روایاتی که از پیشوایان دین در دست است، برگزار نمودن جلسات دعا به صورت دسته جمعی، چنانچه آسیبی به اخلاص نرساند، مطلوب و پسندیده است.[۲۵۹] پس تشکیل مجالس دعا در مسجد و خدا را در خانه او خواندن عبادتی بزرگ به شمار می آید. بی گمان چنین دعایی در معرض اجابت پروردگار قرار دارد.
برگزاری این گونه مجالس در مسجد به طور منظّم و متناسب با حال نمازگزاران مسجد از جنبه های تربیتی خوبی نیز برخوردار است. این مجالس پرفیض زمینه آشنایی و انس مؤمنان با فرهنگ پربار دعا را فراهم می آورد. جذابیت بخشیدن به این برنامه ها و به ویژه سودمند و کوتاه برگزار نمودن آن، می تواند باعث جلب شمار بیشتری به دعا باشد. اشکالی که گاه در مورد مجالس دعا در مسجد مشاهده می شود، طولانی برگزار نمودن آن است. این امر می تواند به گرمی و رونق مجالس دعا آسیب برساند. همچنین جا دارد در مجالس دعا از دعاهای گوناگونی که از پیامبر (ص) و اهل بیت او (ع) به یادگار مانده، استفاده شود. انتخاب دعاهای متعدّد، مجالس دعا در مسجد را از حالت یکنواختی بیرون می آورد و باعث می شود مردم با بخشی از گنجینه های ارزشمندی که متأسفانه مهجور مانده، آشنا شوند.
در ارتباط با مجالس دعا در مسجد، این نکته نیز شایان توجّه است که زمان برگزاری این مجالس را باید به گونه ای تنظیم نمود، تا آنان که تنها فرصت حضور در مسجد برای انجام نماز جماعت را دارند، با مشکلی رو به رو نشوند؛ به عنوان مثال: هر گاه این گونه مجالس در فاصله میان نماز مغرب و عشاء برگزار شود، طبیعی است آنان که مایل به شرکت در آن نباشند، از حضور در نماز جماعت نیز خودداری خواهند کرد. از این رو شایسته است تنظیم این برنامه ها به گونه ای باشد تا به شکوه صفهای نماز جماعت آسیبی وارد نیاید.